现在的慢病毒包装系统通常包括几个质粒，这几个质粒上分别含有慢病毒复制的成分，这样做的目的就是为了增加安全性，毕竟如果只用一个成分的话，危险系数很高，人一旦接触这种病毒就有可能遇到危险。而把这几个成分分散在几个质粒中，很难在体外形成危险的病毒颗粒。第二代慢病毒包装系统含有3个质粒，第三代慢病毒包装系统含有4个质粒。这两代病毒包装系统都含有以下相同的成分：
第二代慢病毒
下图是第二代慢病毒系统：
这个系统含有3个质粒，第1个质粒：包装质粒，它编码Gag，PoI，Rev与Tat基因。第2个质粒：包膜质粒，含有VSV-G，编码蛋白Env。第3个质粒：目的质粒，含有病毒的LTRs和psi包装信号（图片未画出），除非有内部启动子，否则这个目的质粒的目的基因是由5'LTR驱动的，它是一个弱启动子，需要Tat元件 的来激活它。所有的第2代慢病毒目的质粒必须要用第2代慢病毒包装系统，因此它的LTR是Tat依赖性的。
第三代慢病毒
第三代慢病毒如下所示：
设计第3代病毒的目的主要还是提高安全性。在第3代病毒中，将第2代病毒的包装质粒分成了2个质粒，一个编码Rev，另外一个编码Gag和PoI。虽然第3代病毒更加安全了，但是它的效率却降低了。除此之外，第3代病毒删除了Tat元件，并且在目的质粒中引入了一个嵌合了5'LTR的异源启动子。这种目的质粒基因的启动子并不依赖于Tat元件。第3代病毒的目的质粒可以使用第2代或第3代的包装质粒，也就是说第3代慢病毒的目的质粒兼容第2代的包装系统。
第二代慢病毒与第第三代病毒的区别：
| 特点 | 第2代慢病毒 | 第3代慢病毒 |
| 目的质粒 | 只能被含有TAT的2代病毒包装 | 可以被第2代和第3代病毒系统包装 |
| 包装质粒 | 一个质粒上含有gag、pol、rev、tat，(质粒：psPAX2) | 2个质粒，一个编码gag、pol，另一个质粒编码rev，（也就是pMDlg/pRRE和pRSV-Rev） |
| 包膜质粒 | 可替换，通常用于编码VSV-G（质粒：pMD2.G） | 可替换，通常用于编码VSV-G（质粒：pMD2.G） |
| 案例性 | 安全，复制能力不完全，使用编码各种HIV基因的3个质粒 | 更安全，复制能力不完全，有自身失活性（SIN）使用4个质粒来替代慢病毒的3个质粒。剔除了Tat元件。 |
| LTR病毒启动子 | 广泛型 | 杂合：删除了部分5‘LTR，与另外一个异源增强子/启动子融合，例如：CMV或RSV。 |
包膜质粒：pMD2.G 前往下载最新质粒序列 ： Addgene: pMD2.G
二代包装质粒：psPAX2 前往下载最新质粒序列 ：Addgene: psPAX2
三代包装质粒：
pMDlg/pRRE 前往下载最新质粒序列 ：Addgene: pMDLg/pRRE
pRSV-Rev 前往下载最新质粒序列 ：Addgene: pRSV-Rev
