企业申报高企当年办理或出售的专利、知识产权不予计分，知识产权取得要有延续性，如企业所有知识产权获证的时间都是同一时间段，会被怀疑为临时包装，不被认同或分数极低。
一、研发人员工资过低的三种状况
1、研发人员年度平均薪资超过公司年度平均月薪水平;
2、研发人员年度平均薪酬虽低于公司年度平均薪资水准，但高于市场平均工资水准;
3、研发人员年度平均薪酬低于当地平均薪资水准。
二、研发工程的立项报告重复,技术水准层次太低，材料缺乏专业性
对于每个开发项目描述出各自的先进性及变革性，各开发阶段规划、人员安排及财务预算，不能完全套模板包装技术协议，否则会导致内容雷同，技术落后等弊端，从而妨碍评分。其中需重点描述项目创新性、新颖性及先进性，并提供相应证据以证明该科技的先进程度，如权威机构证明、查新报告、获得相关称号的证明等。
三、知识产权对主要产品的核心支持作用不够
对于公司的开发工程、知识产权重新融合、匹配，PS高新产品的关键科技和技术指标要与所取得的知识产权相对应。
四、高新科技领域选择错误
高新科技领域的选取一定要由企业专业科技员工对于公司的主营业务、主要开发工程、高新科技产品选择最匹配自己企业的高新科技领域，不能由非专业技术员工依据自己的理解随便选择。
五、研发组织管理水平差
近年来高新申报，已经不是到学校找个领导弄个产学研合作协议盖个章，然后借助网络下载一大堆看上去高端大气上档次的开发管理体制就行了的。现在高新评审过程中，评审专家除了会看你有没有开发管理体制，还会看你实际有没有运行那些开发管理体制。所以我们在打算开发组织管理水平相关资料时，还需准备相应的开发机构体系、场地及设施的照片、发票，研发成本明细账，产学研协议发票，创新创业系统机制、交流记录，研发人员激励奖金的文件及领款签字、银行流水等，以及人才引进、培训等一系列政策运行证明材料。
六、科技成果转换能力不足
高新重点关注技术成果转换，不仅规定年平均转化5项以上，还必须将企业的技术成果进行表述，要描述出技术成果是何种，怎么转化的，应用在什么产品中，应用的疗效如何，是否造成效益，并且做到一一对应，很多企业在这里吃了亏，且不说数量，首先知识产权跟项目和产品严重不匹配，明明成果与产品不相关硬要扯上关系，这就很失望关了。所以必须对于公司的开发工程再次进行归集，充分考量开发工程与高新领域的关系并且开发项目和知识产权的关联性。
七、研发人员工资过低带来的潜在影响
1、公司对开发的注重度不够包装技术协议，难以界定为高科技、新技术的公司;
2、公司的行业竞争力存疑;
3、可能与公司的开发管理体制不符;
4、可能对公司财务核算的完善性存疑;
5、可能对团队的稳定性造成不利影响;
6、可能对开发团队的学历和职称存疑;
7、可能与公司对外宣传不符;
8、可能对公司承担工程的经济基础存疑;
9、可能对公司的盈利能力存疑;
10、可能对公司的后续业务发展堪忧。
八、财务数据异常
需尽量确保统计一套表、火炬统计报表、科技业务管理平台、年度会计报告、企业所得税纳税申报表及专审报告等财务数据的一致性，否则将要被觉得企业不诚信，甚至造成认定不借助。数据不一致，但有合理原因的，需要写明不一致的缘由，并加盖企业公章。
最终：目前国家对高企认定时企业提交的报送材料整体的逻辑性规定越来越苛刻：专家评审、国家备案过程中，重点考核提交资料中能否展现“研发工程-科技成果-高新技术产品-知识产权-科技领域“之间的相关性。
